企鹅四人组为救回被章鱼博士抓走的老大，不得不与死对头“北风特工队”联手，却发现敌方基地藏在他们动物园的地下。
中央公园动物园的企鹅四人组——老大、科斯基、瑞哥和菜鸟——表面上只是普通企鹅，背地里却是维护动物城和平的秘密特工。这一季，他们的死对头、大脑外露的章鱼博士卷土重来，这次他开发出了能将动物思维格式化的“洗脑泡泡枪”。章鱼博士绑架了老大，威胁企鹅们交出能实现任何愿望的“北极星之泪”。在追踪过程中，企鹅们不得不与一向看不顺眼的精英特工组织“北风特工队”（由海豹、北极狐、信天翁等组成）合作。经过一番在纽约地铁、自由女神像和大卖场的追车与混战，他们发现章鱼博士的基地竟然就在动物园正下方的废弃地铁站里。最终，菜鸟用一块口香糖智胜了章鱼博士，老大被救回，但“北极星之泪”被证实只是瑞哥的一颗假牙。全季保持高速吐槽和漫画式的夸张打斗。
延续了电影版的快节奏和无厘头风格，每一集都像一部微型的动作大片。台词密度极高，几乎每一秒都有梗。菜鸟的“意外天才”设定贡献了全季最多的笑点。北风特工队的“优雅装逼”与企鹅们的“野路子”形成绝妙反差。
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